从实验室工作流程来看，微生物实验室可分为样品保存、样品前处理、过程分析、清洗灭菌四个流程，不同的工作流程需要不同的仪器。

一、样品保存
1、 超低温冰箱：低温保存疫苗、菌种、生物样本等
2、 液氮罐：长期活性保存疫苗、菌毒种、细胞
3、 药品冷藏箱：用于冷藏保存药品、试剂、生物制品和疫苗
二、样品前处理
1、 移液器：定量转移液体的器具
2、 离心机: 液固或液液颗粒分离
3、 冻干机: 冻结的水分子直接升华水蒸气
4、 均质仪: 提取样品中DNA/RNA/蛋白质
5、 培养箱: 培养微生物、植物和动物细胞
6、 生物安全柜: 实验操作中空气净化负压安全装置
7、 超净工作台: 局部工作区域洁净度

三、过程分析
1、 PCR仪：用于传染病的诊断、基因复制以及亲子鉴定
2、 酶标仪：酶联免疫吸附试验的专用仪器
3、 核酸提取仪：核酸提取试剂自动完成样本核酸提取
4、 暗箱式紫外分析仪：于核酸、蛋白电泳凝胶，薄层层板结果的观察分析
5、 电泳仪：用于DNA 测序
四、清洗灭菌
1、 高压灭菌锅：实验前后杀菌
2、超声波清洗机：清洗实验器具及玻璃器皿
使用微生物检测仪的检测方法就比较简单了。

1、开机预热，30秒后即进入工作状态；

2、将一体化试剂采样棉签棒从超净管中拔出准备采样；

3、对被测物进行采样；

4、采样完后放进超净管中旋紧密封；

5、按压一体化试剂棒顶部使密封腔内试剂自动流入超净管中与棉签棒上标本发生ATP反应；

6、按压仪器顶部橙黄色按钮使试剂舱盖自动弹开；

7、将正在发生反应的一体化试剂插入仪器试剂舱接受检测；

8、经过十几秒检测时间仪器完成标本检测，自动显示、存储、传输ATP检测结果。